Bayraklı Sultan türbesinin öyküsü, cesaret ve özverinin simgesi olan bir kahramanın hikayesidir. Kastamonu Kalesi’nin kuşatıldığı dönemde, yiğit bir asker olan Yunus Mürebbi, kaleye sancağı dikmek için gösterdiği çaba ile tarihe geçmiştir. Bu destansı olay, yalnızca bir savaşın ötesinde, vatan sevgisini ve fedakarlığı temsil eden bir efsane olarak günümüze kadar ulaşmıştır.

Bayraklı Sultan türbesinin hikayesi, Kastamonu Kalesi’nin kuşatılması sırasında yiğit Yunus Mürebbi’nin sancağı kaleye dikmesiyle ilgilidir. Hikayeye göre, Kastamonu Kalesi Selçuklular tarafından kuşatılmıştır. Kuşatma uzayınca yiğitlerin sabrı tükenir ve bir gün toplanıp karar alırlar: Ertesi gün güneş doğmadan kaleye saldırı düzenlenecek, ne olursa olsun kale alınacak ve bayrağı kaleye ilk diken yiğide armağan edilecektir. Ertesi sabah yapılan saldırıda, öğleye doğru savaş iyice kızıştığında ünlü yiğit Yunus Mürebbi, “Ardımdan gelin, beni kollayın. Bu kaleye sancağı ilk ben dikeceğim” diyerek ok gibi fırlar, elindeki ipi burcun sivri dişlerine takar ve kaşla göz arasında burca tırmanır. Koynundan kılıcını çıkarıp yiğitçe dövüşür. Ardındakiler de burca çıkar ve vuruşmaya başlar. Yunus Mürebbi sancağı kaleye dikmiştir ancak savaş bitmiş olmasına rağmen görünmez. Adamları onu bulduğunda, kanlar içinde yatmaktadır ve bedenine sakladığı sancağı hala sımsıkı tutmaktadır. Bu yüzden adı Bayraklı Sultan olur. Halk, dileği gerçekleşsin diye ona bayrak adar.