Pamukkale Travertenleri, doğal güzellikleri ve eşsiz beyaz görüntüsüyle ünlü bir bölgedir. Ancak son yıllarda, özellikle turizm faaliyetlerinin yoğunlaşmasıyla birlikte, bu eşsiz yapılar kirlilik tehdidi altına girmiştir. Hava ve su kalitesindeki bozulma, travertenlerin özgün renginin kaybolmasına neden olmakta ve bölgenin ekosistemine olumsuz etkiler yaratmaktadır. Bu olumsuz süreçlerin önüne geçmek için çeşitli önlemler alınmakta, bölgenin korunması için sürekli çalışmalar yapılmaktadır.

Pamukkale Travertenleri'ndeki kirlilik, özellikle 1990'lı yıllarda otellerin ve barakaların neden olduğu hava kirliliği nedeniyle artmış, travertenlerin beyaz rengi solmaya başlamıştır. Kirliliği önlemek için alınan bazı tedbirler:

• 1998 yılında otellerin ve bazı tesislerin yıkılması;
• Travertenlere girişlerin ve çıplak ayakla gezinmenin yasaklanması;
• Termal suyun kontrollü bir şekilde belirli bir program dahilinde verilmesi.

2026 yılında, bölgenin biyolojik çeşitliliğini korumak amacıyla yeni bir bilimsel araştırma başlatıldığı ve bu araştırmada travertenlerdeki kararmaların çevresel ve biyolojik nedenlerinin inceleneceği belirtilmiştir.