Aokigahara Ormanı, doğal güzellikleri ve mistik atmosferi ile ünlü bir yer olmasının yanı sıra, zengin bir biyoçeşitliliğe de ev sahipliği yapmaktadır. Bu ormanda, çeşitli memeliler, kuşlar ve böcek türleri yaşamaktadır. Özellikle Japonya'ya özgü hayvanlar ve onların doğal yaşam alanları, bu bölgenin ekosisteminin önemli bir parçasını oluşturur. Ormanın derinliklerinde, her köşede farklı türlerin izlerine rastlamak mümkündür.

Aokigahara Ormanı'nda yaşayan bazı hayvanlar şunlardır:

• Memeliler: Asya kara ayısı, küçük Japon köstebeği, fareler, geyikler, tilkiler, ayılar, vahşi tavşanlar, Japon vizonu ve Japon sincabı.
• Kuşlar: Büyük baştankara, dağ baştankarası, uzun kuyruklu baştankara, magerahigara, higera, büyük alaca ağaçkakan, cüce ağaçkakan, kamış bülbülü, bayağı alakarga, Japon beyaz gözü, Japon ardıçkuşu, boz başlı ardıçkuşu, Sibirya ardıcı, Hodgson atmaca guguğu, Japon kocabaşı, küçük gugukkuşu, kara yüzlü kiraz kuşu, büyük üveyik ve bayağı guguk kuşu.
• Böcekler: Karafatmalar ve çeşitli kelebek türleri.