Akşehir Gölü, hem yerel hem de bölgesel ekosistem için kritik bir öneme sahiptir. Ancak, iklim değişikliği, insan faaliyetleri ve çevresel faktörler gölün doğal dengesini tehdit etmektedir. Bu durum, su seviyesindeki dalgalanmalar, tarımsal uygulamalar ve kirlenme gibi etkenlerle birleşince, gölün biyolojik çeşitliliği ve ekosistem işleyişi üzerinde olumsuz etkiler yaratmaktadır. Ekosisteminin korunması ve sürdürülebilir bir yönetim sağlanması için atılması gereken adımlar, gelecekte gölün sağlığını korumak adına büyük önem taşımaktadır.

Akşehir Gölü'nün ekosistemi, çeşitli faktörlerden etkilenmektedir:

• Kuraklık ve su seviyesi değişiklikleri: Uzun süreli kuraklıklar gölün kurumasına neden olabilir. Ancak, son yağışlarla birlikte göl yeniden su tutmaya başlamıştır.
• Tarımsal sulama: Bilinçsiz tarımsal sulama, gölün kurumasına yol açan önemli faktörlerden biridir.
• Kirlilik: Göl ve besleyen su kaynaklarındaki kirlilik, ekosistemi olumsuz etkiler.
• Ekolojik denge: Göl çevresindeki 81 yerleşim alanının etkisi, ekolojik dengeyi bozabilir.

Akşehir Gölü'nün ekosisteminin korunması için çeşitli projeler ve çalışmalar yürütülmektedir, örneğin "Akşehir-Eber Gölleri Sulak Alan Yönetim Planı Projesi".