Anavarza Antik Kenti, tarih boyunca pek çok medeniyete ev sahipliği yapmış ve bu zengin geçmişi, mimari yapılara da yansımıştır. Özellikle kiliseler, farklı dönemlerin mimari stillerini ve inanç sistemlerini yansıtan önemli eserlerdir. Kaya kiliselerinden bazilikal planlı yapılar ve çeşitli süslemelere kadar her biri, dönemin sanatsal ve yapısal anlayışını gözler önüne serer.

Anavarza Antik Kenti'ndeki kiliseler, farklı dönemlerde ve kültürlerde inşa edildikleri için çeşitli mimari özelliklere sahiptir:

• Kaya Kilisesi: Kalker kayalıklara oyulmuş olup, büyük oranda tahrip olmuştur. 43 m uzunluğunda ve 29 m genişliğindedir. Apsisin dış tarafı yuvarlaktır ve içeride bir oturak bulunmaktadır.
• Güneybatı Kilisesi: Haç planlı bir yapıya sahiptir ve on bir adet kapısı bulunmaktadır.
• Ermeni Kralları Kilisesi: Üç nefli bazilikal planda inşa edilmiştir. Doğu tarafında dar pencereler ve günümüze ulaşan Ermenice bir kitabe bulunmaktadır.
• Havariler Kilisesi: Devşirme malzeme kullanımı, süslemeli apsis ve sütunları ile tipik geç antik dönem kilise mimarisini yansıtır.

Anavarza'daki kiliseler, Roma, Bizans, Ermeni ve Osmanlı gibi farklı uygarlıkların izlerini taşır.